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人类短串联重复序列(STR)是一组按孟德尔遗传规律遗传并具有高度多态性的共显性基因位点,
目前已被广泛应用于法科学中的个人识别及亲子鉴定,许多学者把STR视为新一代DNA指纹中最
重要的内容。然而一些常用的STR位点中,如TH01、FES/FPS或VWFA31仅表现出较小的多态性
变化[1],从而降低了实际工作中的排除率。另一方面,一些具有高度多态性的STR位点,如SE33
(ATCBP2)由于其不规则的重复序列而导致了检测的难度和判型的准确度[2]。近来Lareu等人[3]
报道了一个具有12个等位基因的高度多态性位点D12S391,我们对该位点在中国汉族、泰国、日
本及德国四个群体中的多态性进行了研究,调查了该位点的基因频率在这四个群体的分布情况及
其遗传稳定性。
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材料与方法
EDTA抗凝血样随机取自222名中国成都地区健康个体,154名泰国曼谷个体,100名日本南部
Miyazaki个体,124名德国西南部个体以及62个两代家系样本。所有样品均保存-20℃。DNA的
提取均采用SDS-蛋白酶及酚/氯仿抽提,其含量通过荧光光度计检测。
D12S391的引物为5’-AACAGGATCAATGGATGCAT-3’和5’-TGGCTTTAAGACCTGGACTG-3’。
PCR扩增在50m l体积中进行,含50ng DNA, 0.5m M引物,200m
M dNTPs,1.5mM MgCl2 ,5m l 10×标准缓冲液,一个单位的Taq聚合酶(Eurobio,
Germany)。扩增条件为:变性94℃ 45s,退火
60℃ 1min,延伸72℃ 1min,共32个循环。
扩增产物的分离及检测采用4%变性胶及银染的方法,其判型采用同等位基因分型标准对照物
(由Carracedo博士提供)同步电泳。所有观察到的新等位基因均用ABI310自动测序
(ABI-Perkin-Elmer,USA)进行测序后,按国际命名原则进行命名。
结果和讨论
采用高分辨的变性胶对中国、泰国、日本、德国四个群体的D12S391位点进行了研究,已观察到了
Lareu等人首次报道的12个等位基因,除此之外,两个新的等位基因27和28在日本群体中发现并均
经测序证实;在泰国群体中只观察到了11个等位基因。D12S391基因座在四个群体中分布频率见
表1所示。
在中国群体,发现有42个基因型,而以19、20最为常见;在泰国群体,发现39个基因型,其常见
基因也是19、20;在日本群体中,发现有38个基因型,常见基因为18、19;而在德国群体中发现
有45个基因型,最常见的基因为18、21。
通过确切概率检验,基因型在四个群体中的分布符合Hardy-weinberg平衡定律(P>0.05),其杂合度、
排除概率、个人识别率、非父排除率见表1。群体间基因频率分布的差异通过卡方检验发现:日本
与其它三个群体的基因频率分布存在差异(对中国 c 2
= 43,对泰国 c 2 = 51,对德国 c 2 = 49 ,
P < 0.0001),另外在中德两群体间也存在有显著性差异(c
2 = 43.9, P <0.0001), 而泰国群体与中国群体和德国群体之间并无显著性差异,提示群体间较近的人类学关系。
| 基因 |
|
|||
| 中 国 | 泰 国 | 日 本 | 德 国 | |
| 15 | 0.004 | 0.006 | 0.015 | 0.028 |
| 16 | 0.009 | 0.006 | 0.01 | 0.020 |
| 17 | 0.052 | 0.084 | 0.09 | 0.117 |
| 18 | 0.0191 | 0.136 | 0.295 | 0.186 |
| 19 | 0.255 | 0.198 | 0.220 | 0.137 |
| 20 | 0.189 | 0.192 | 0.135 | 0.113 |
| 21 | 0.128 | 0.143 | 0.075 | 0.137 |
| 22 | 0.086 | 0.123 | 0.040 | 0.105 |
| 23 | 0.05 | 0.052 | 0.035 | 0.093 |
| 24 | 0.025 | 0.042 | 0.010 | 0.057 |
| 25 | 0.009 | 0.016 | 0.045 | 0.004 |
| 26 | 0.002 | 0 | 0.020 | 0.004 |
| 27 | 0 | 0 | 0.005 | 0 |
| 28 | 0 | 0 | 0.005 | 0 |
| 杂合率期望值 | 0.833 | 0.0858 | 0.827 | 0.878 |
| 杂合率观察值 | 0.847 | 0.864 | 0.850 | 0.895 |
| HWE检验(P值) | 0.191 | 0.788 | 0.455 | 0.719 |
| 非父排除率 | 0.67 | 0.714 | 0.667 | 0.75 |
| 个人识别率 | 0.95 | 0.964 | 0.95 | 0.97 |